Америка и Япония создали совместную организацию для противодействия террористическим угрозам. Изначально эта структура функционировала успешно, однако ее существование было поставлено под сомнение в результате действий Хита Осло. Его деятельность привела к раскрытию команды и всей организации. Государствам удалось частично сохранить проект, проведя его реорганизацию. В настоящее время организация действует под новым названием, сохранив прежние цели. Изменился принцип комплектования кадров:
После завершения 63-го ежегодного турнира по Сэнся-до становится известно о решении Министерства образования закрыть академию Оарай. Это решение остается в силе, несмотря на победу школы в последнем чемпионате, которая должна была продемонстрировать эффективность ее учебных методик. Триумф команды оказался недостаточным аргументом для пересмотра административного постановления. Чтобы сохранить учебное заведение, капитан команды Михо и ее однокурсницы принимают решение участвовать в следующем
Прошло три года с момента последней встречи избранных детей. После очередного противостояния с захватчиками каждый из них начал жить отдельной жизнью. Таити Ягами сосредоточился на футбольных тренировках, готовясь к важному матчу. Ямато Исида посвящал время репетициям со своей музыкальной группой. Мими Татикава переехала из Японии в Соединенные Штаты. Общение между бывшими товарищами стало редким и формальным. В один день произошло несколько событий, которые привели к необычным обстоятельствам.
Восьмилетняя Онигава Мао учится в школе. Ее дед занимает должность начальника штаба сухопутных сил Японии, и девочка часто наблюдает за его работой. Когда появляются таинственные пришельцы, Мао, основываясь на увиденном, принимает решение организовать противодействие возможной угрозе. Несмотря на юный возраст, она действует уверенно и берет на себя руководящую роль. К Мао присоединяются другие девочки, чьи родственники также занимают высокие посты в командовании воздушными и морскими силами.
Агентство САРЖД разработало робота Shinkalion, способного трансформироваться в скоростной поезд, для противодействия внезапно появившейся угрозе, известной как Неизвестный. Этот робот стал основным средством обороны. В ходе конфликтов выяснилось, что Неизвестный обладает множеством форм и применяет различные тактики атак. Это потребовало от инженеров агентства модернизации Shinkalion, в результате чего робот получил дополнительные модули и расширенные функции для борьбы с разными типами
Акуцу Масатора прибывает из царства демонов в обычную среднюю школу людей. Его задача состоит в том, чтобы завербовать новых последователей и усилить армию Ада в конфликте с силами Рая. В школе он встречает Лили Амане, новую ученицу, которая становится его одноклассницей. Акуцу принимает решение привлечь ее на сторону демонов, однако не знает о ее истинной природе. Ситуация усложняется, когда Акуцу начинает испытывать искренние чувства к Лили. Он оказывается перед выбором между выполнением